L'histoire se passe dans un monde désolé recouvert de neige et d'étendues désertiques. La majorité des hommes vivent dans des villes recouvertes de grands dômes pour se protéger du climat extérieur.
Voilà maintenant 200 ans que les loups ont été exterminés et ceux qui se rappellent encore de leur existence n'en parlent que par des légendes qu'on leur a racontées. Pourtant ils errent encore, prenant apparence humaine, pour se fondre parmi eux afin de se protéger. Une prophétie raconte que leur réapparition signifiera la fin du monde. Sous la lune rouge, ils chercheront leur Rakuen où seuls eux pourront y entrer.
Kiba, un loup blanc, entend un appel au fond de lui qui lui dit de trouver le Rakuen. Sur les traces de Cheza, la Fleur de Lune, il est bien vite rejoint par Hige, Toboe et Tsume, trois autres loups qui ne veulent plus vivre cachés parmi les humains. Commence alors pour la meute la quête du Rakuen et un voyage qui s'annonce plein de difficultés…