Rebecca Madsen è una detective del San Francisco Police Department che sta indagando su un atroce caso d'omicidio, quando si ritrova con un'impronta appartenente a Jack Sylvane, un criminale che era rinchiuso nella vecchia prigione di Alcatraz e che era dato per morto da decenni. Quando tenta di approfondire il mistero, l'agente federale Emerson Hauser tenta inizialmente di ostacolarla, per poi affiancarla nelle indagini con il suo fidato tecnico di laboratorio Lucy. Rebecca, che nel frattempo si era rivolta all'esperto della prigione Diego Soto, scopre che non solo Sylvane è ancora vivo, ma non è invecchiato di un giorno dai tempi in cui era rinchiuso ed è tornato a seminare vittime. Inoltre, presto la detective Madsen si renderà conto che Sylvane è solo una piccola parte di un mistero molto più grande: altri prigionieri stanno infatti per riapparire dal passato.