혜성 소코네스, 행성 우카페, 행성 스카르프의 이상접근에 의해 일어난 '빅 카타스트로피'는 지구에 천재지변을 일으켜 모든 문명이 파괴되어버린다. 다시 부흥하기 시작한 인류는 각지에 '타운'이라는 도시를 만들고 살지만, 그 삶도 그렇게 여의치는 않았다. 이러한 혼란을 틈타 도그마 대제라고 자칭하는 이가 비밀력사 '매닥터 군단'을 결성해 각 타운을 침공하기 시작한다. 미국 서부의 빅톨 타운을 지키는 메카니컬 컴뱃 부대 제18연대에 가입한 다이고는 아버지가 남겨준 고디안을 타고 매닥터 군단과 싸우지만, 그가 고디안의 파일럿이라는 사실은 빅톨 타운에는 비밀이다.