Drie jonge meisjes, worden tijdens een excursie naar de Tokyo Tower vervoerd naar een magische wereld genaamd Cephiro. Ze worden al snel begroet door Meester Mage Clef, die hen uitlegt dat ze zijn opgeroepen om de Legendary Magic Knights te worden en Cephiro te redden. De meisjes zijn niet bepaald enthousiast over dit idee en willen alleen maar naar huis terugkeren. Clef legt verder uit dat ze op zoek moeten gaan naar de drie Runegoden om hen te helpen vechten. Hij schenkt elk van hen pantsers en magische krachten. Ze vernemen van Clef dat hogepriester Zagato de pijler van Cephiro, prinses Emeraude, heeft ontvoerd. De Zuil van Cephiro heeft als enige de verantwoordelijkheid om Cephiro levend en in evenwicht te houden met haar gebeden. Zonder prinses Emeraude zou Cephiro in verval raken.