Det blir ingen enkel resa för kriminalkommissarie Amy Silva (Suranne Jones) och hennes kollega Kirsten Longacre (Rose Leslie) när ett dödsfall inträffar ombord på u-båten HMS Vigil och när en skotsk fisketrålare mystiskt försvinner. Deras utredning borrar sig allt djupare in i en konspiration där polisen hamnar i kollisionskurs med både den brittiska flottan och säkerhetstjänsten. Vigil är en brittisk adrenalinstinn thriller i en skugglik värld med höga insatser.